PEPR Systèmes Alimentaires, Microbiome et Santé┋Appel à projets « SAMS »

Afin de réduire le fardeau des maladies chroniques non transmissibles et de mieux adapter son alimentation, une meilleure compréhension des liens entre l’alimentation, les microbiomes et la santé humaines ainsi que des interactions entre les comportements de consommation, l’information fournie aux consommateurs et les modèles de production alimentaire sont indispensables et sont les principaux défis que le programme Systèmes alimentaires, microbiome et santé (SAMS) a été chargé d’aborder. Pour répondre à ces enjeux sociaux et sanitaires, le programme d'action du PEPR SAMS s'appuie sur deux piliers : le premier aborde les questions liées aux microbiomes et à la santé ; le second, les questions liées à la consommation et aux systèmes alimentaires durables. Le présent appel à projets vise à soutenir des projets de recherche originaux et innovants sur ces deux piliers, et à leur interface.

Le pilier "Microbiomes et santé" se concentre sur la compréhension des facteurs qui déclenchent la transition d'un microbiome sain vers un état de dysbiose, ce qui devient essentiel pour prendre des mesures préventives personnalisées et réduire le fardeau des maladies chroniques liées au microbiome d'une personne. Un changement de paradigme visant à transformer à la fois le diagnostic et le suivi, ainsi que la prévention, les traitements et les interventions thérapeutiques, devient crucial. Ce premier appel vise donc à accroître les connaissances sur les mécanismes de symbiose entre microbiomes et hôtes, les stades précoces d'apparition et de progression des maladies chroniques liées aux microbiomes et les moyens de les corriger afin d'améliorer la prise en charge des patients et d'optimiser les traitements, mais aussi d'assurer la prévention dans la population générale. Par conséquent, l'appel comprend la caractérisation des mécanismes et de biomarqueurs de la symbiose hôte-microbiote, l'identification d'éléments perturbateurs et la compréhension de la séquence d'événements microbiens, métaboliques et immunitaires et de leurs conséquences, qui sont à l'origine d'altérations de l'homéostasie et de la santé. Sont également attendus des projets visant à identifier des biomarqueurs de risque, de diagnostic, de pronostic et de prédiction de la réponse et de la toxicité des traitements, ainsi que le développement de nouvelles stratégies préventives et thérapeutiques qui identifient et corrigent les "défauts" des interrelations microbiome-hôte.

Le pilier "Consommation et systèmes alimentaires durables" repose sur la reconnaissance de la nécessité de modifier le comportement des consommateurs pour résoudre les problèmes de santé publique et d'environnement. Cependant, de tels changements sont difficiles à réaliser pour de nombreux consommateurs, en particulier ceux qui disposent de peu de ressources matérielles et éducatives. Un défi important consiste donc à identifier et à analyser dans quelle mesure les interventions publiques, privées et communautaires peuvent encourager et soutenir ces changements. Il s'agit également de déterminer comment les changements de comportement des consommateurs peuvent contribuer à modifier l'offre alimentaire - en ce qui concerne les qualités nutritionnelles et environnementales des produits alimentaires, ainsi que des changements structurels plus profonds tels que ceux induits par la relocalisation des systèmes alimentaires. Dans cette perspective, le présent appel à projets vise à soutenir des projets de recherche originaux et structurants qui se concentrent sur les déterminants des changements de comportement des consommateurs et sur les conditions dans lesquelles ces changements pourraient mieux contribuer à la prévention des risques pour la santé au niveau individuel et de la population et favoriser une évolution vers des systèmes alimentaires plus durables, en particulier au niveau local.

À l'interface des deux piliers, des projets portant par exemple sur l'évaluation des changements de comportement alimentaire et de leurs effets sur la santé humaine, par le biais de questions liées au microbiome, sont dans le périmètre de cet appel à projets.

Les projets devront s'appuyer sur des consortiums de recherche pluridisciplinaires. Ils pourront viser des avancées dans les connaissances fondamentales, ainsi que des résultats plus appliqués, liés à la thérapeutique, aux solutions de prévention des risques sanitaires et aux politiques publiques.

Le présent appel à projets comporte deux phases :

• 1ère phase : une première phase non sélective et non obligatoire de dépôt d’une lettre d’intention. Cette première phase, non sélective et non obligatoire pour pouvoir répondre à la seconde phase de dépôt des projets détaillés, a pour objectif d’identifier si nécessaire des manques et des besoins de compétences complémentaires dont le projet pourrait bénéficier. Si le consortium juge ne pas couvrir l’ensemble des expertises nécessaires à son ambition, il peut le signaler lors de cette phase et demander à être accompagné pour la recherche des équipes apportant les expertises manquantes. La période d’animation autour de l’appel à projets et en amont du dépôt de projet complet a pour but de faire émerger des consortia ambitieux. Les directeurs et le comité de programme du PEPR SAMS organiseront alors des ateliers d’échanges rassemblant les consortia ayant manifesté́ leur intérêt afin de favoriser le dialogue entre les chercheur-se-s pour leur permettre de faire émerger des projets structurés et interdisciplinaires répondant aux enjeux et objectifs du PEPR SAMS.

• 2ème phase : la deuxième étape consistera à déposer les projets détaillés, en vue de leur évaluation par un comité d’évaluation international mandaté par l’ANR

Cet appel à projets vise à soutenir des projets d’envergure, d’une durée de 3 à 5 ans, avec des financements allant de 1 à 2,5 M€ pour le pilier « Microbiomes et Santé », de 800 k€ à 1 M€ pour le pilier « Consommation et Alimentation Durable » et de 1 à 1,8 M€ pour des projets d’interface entre les deux piliers.  

• Documents de référence et site de dépôt
• Texte de l'AAP SAMS
• Règlement Financier

Site de dépôt Lettre d’intention AAP SAMS – à venir